对于Linux兼容内核的开发，有一个必须考虑的问题，就是知识产权的问题。在Linux内核中实现Windows的系统调用，实现DDK列举的内核导出函数和设备驱动框架，是否会侵犯微软的知识产权呢？知识产权分为四种，分别为专利（Patent）、商标（Trademark）、版权（Copyright）和商业机密（Trade Secrets）。

内核角度看知识产权
1.专利根据知识产权的组成部分，专利是受保护力度最强的。主要有这么几个限制:必须充分公开实施的方法或流程，受保护的时间限于18年或20年，必须在产品上市后的一年之内或出现产品之前提出申请。对于Windows的系统调用界面，这个界面的本身与其实现是不公开的，这就不可能受专利保护，否则就违反了公开原则。基于必须在产品上市后的一年之内提出申请的原则，在这一方面至今还没有形成专利的东西就永远不可能有专利了，因为这个界面已经存在多年。而且，凡是18年前，既1988年以前的专利都已经过期了。再看DDK所列举的内核导出函数，这个界面的定义是公开的，但是这些函数的实现方法和流程却都不是公开的，所以也不可能受专利的保护。至于Windows的设备驱动框架，其公开的程度也远远没有达到专利申请所要求的程度。由此可见，Linux兼容内核不会触犯微软的任何专利。但是仍旧要注意是否会在某些具体的局部涉及可能存在的方法专利，包括并非出自微软的专利。例如，某些加密/解密算法、信息压缩算法、就是有专利的，所以开源软件中在需要加密/解密或信息压缩时都会设法绕过，就是寻找功能上可以达到相同效果、但与之不同的方法。这是需要警惕的。
2.商标第二种知识产权是商标，显然兼容内核跟微软的商标没有任何瓜葛，因此，也就不需要去考虑这个问题。
3.版权版权受保护的年限比专利长得多，可是版权所保护的范围却很窄。专利可以保护一个主意的本身，而版权却只能保护对一个主意的特定的表达。具体到计算机软件，如果两段程序实现的是相同的功能，但是编写的方式不同，那就不存在侵犯版权的问题。联系到兼容内核的实现，根本就看不到微软的代码，看不到其“特定的表达”，又怎么可能侵犯微软的版权呢？不过这里倒有个问题需要注意:在设备驱动框架中有不少宏操作(Macro)是在DDK的一些.h文件中定义的，也许不能把这些.h文件直接使用，而需要加以改写，以免授人以柄。
4.商业机密还有一种知识产权是商业机密。商业机密的保护范围就更小，基本上只是用来防止雇员泄密和偷盗。只要不从微软偷盗源代码，也不使用别人从微软偷盗出来的源代码，那么即使通过反汇编等手段进行逆向工程，那也没有违法。由此可见，兼容内核完全不必草木皆兵，以为一开发兼容内核就会触犯微软的知识产权。当然，小心谨慎还是应该的。
用户程序看知识产权
但是，一个操作系统并不只是一个内核，还需要有一些运行于用户空间的系统软件的参与，才能为应用软件的运行提供必要的环境。那么在兼容内核上面将需要有什么样的系统软件、什么样的动态连接库？这些软件的使用或开发会不会侵犯微软的知识产权？从软件的来源上分析。Windows系统用户空间软件的来源大体上可以分成五类。
◆第一类是由第三方开发和提供的软件。用户买了这些产品，当然有权在兼容内核上运行。只要不加以复制和分发，就没有知识产权的问题。